Ngay sau vụ bắt giữ, khắp Liên minh châu Âu đã có những phản ứng mạnh mẽ lên án phó chủ tịch Kaili. Sau khi truyền thông Bỉ lần đầu tiên đưa tin, Chủ tịch Nghị viện châu Âu Roberta Metsola xác nhận Nghị viện Châu Âu đã tuân thủ cuộc điều tra mà không nêu rõ bản chất của nó.[32] Sau vụ bắt giữ, cả PASOK, đảng chính trị của Kaili ở Hy Lạp, và Liên minh Xã hội và Dân chủ bên trong Nghị viện Châu Âu đều tuyên bố đình chỉ hoạt động của Kaili bên trong các tổ chức.[33][34] Hai ngày sau vụ bắt giữ, Metsola đã đình chỉ trách nhiệm và quyền hạn của Kaili với tư cách là Phó Chủ tịch Nghị viện Châu Âu.[35] Trong một cuộc bỏ phiếu, Kaili đã chính thức bị đa số loại bỏ khỏi vị trí phó chủ tịch.[36]

Khi khai mạc cuộc họp đầu tiên của Nghị viện Châu Âu sau các cuộc khám xét, vào ngày 12 tháng 12, Chủ tịch Nghị viện châu Âu tuyên bố mọi hoạt động với Qatar sẽ bị đình chỉ.[37] Trong cuộc họp, Liên minh Xanh-Châu Âu Tự do (S&D) và Đổi mới châu Âu đều kêu gọi thành lập một ủy ban điều tra do Nghị viện châu Âu đứng đầu.[37] Việc đình chỉ các hoạt động thương mại của Nghị viện đã được thực thi trước 3 ngày bỏ phiếu đưa ra thỏa thuận miễn thị thực du lịch với Qatar và các quốc gia khác.[37] Việc này cũng dẫn đến việc hủy phiếu về miễn thị thực du lịch đến Ecuador, Kuwait và Oman.[38] Ngoài ra, một thỏa thuận vận chuyển hàng không lớn và gây tranh cãi cho phép Qatar Airways tiếp cận không giới hạn vào thị trường EU đã bị đình chỉ sau những cảnh báo cho cho rằng Qatar có thể đã can thiệp vào các cuộc thảo luận nội bộ của Nghị viện về vấn đề này.[39] Trong các cuộc đàm phán, các quốc gia thành viên EU đã chỉ trích các thỏa thuận do ủy ban vận tải của Nghị viện đàm phán là quá có lợi cho Qatar.[40]

Trước khi khai mạc cuộc thảo luận toàn thể, một số Nghị sĩ của Liên minh Xã hội và Dân chủ đã từ chức khỏi các vị trí trong Nghị viện. MEP Marc Tarabella đã đình chỉ vai trò của mình khỏi Liên minh S&D, MEP Maria Arena từ chức Chủ tịch ủy ban nhân quyền của Nghị viện, MEP Pietro Bartolo đình chỉ vai trò phát ngôn viên của Liên minh về tự do hóa thị thực và MEP Andrea Cozzolino đình chỉ vai trò phát ngôn viên của Liên minh về các vấn đề khẩn cấp.[37] Tarabella sau đó đã bị đình chỉ bởi Đảng Xã hội Bỉ.[41]

Chủ tịch Nhóm Nghị viện Hữu nghị EU-Qatar, MEP José Ramón Bauzá (Đổi mới châu Âu), đã tuyên bố đình chỉ nhóm sau các cáo buộc.[20] Trong một tuyên bố, Bauzá cho biết "[việc đình chỉ là do] trước những vụ việc rất nghiêm trọng trong vài ngày qua, và cho đến khi chúng ta đi đến tận cùng của vấn đề".[42]

Đảng Nhân dân châu Âu (EPP), Đảng chính trị lớn nhất trong Nghị viện, đã quyết định đình chỉ tất cả các hoạt động chính sách đối ngoại liên quan đến tất cả các vấn đề bên ngoài Liên minh Châu Âu cho đến khi có thể đảm bảo tính toàn vẹn các thủ tục. EPP khuyến khích các bên khác làm theo.[43]

MEP Dino Giarrusso (Non-Inscrits[lower-alpha 2]) tuyên bố ông và những người khác đã nhiều lần được các quan chức Qatar tiếp cận: "Họ hy vọng sẽ cải thiện danh tiếng của đất nước, đặc biệt là trong thời gian chuẩn bị cho Giải vô địch bóng đá thế giới".[44]

Ursula von der Leyen, Chủ tịch Ủy ban châu Âu, cáo buộc nước chủ nhà World Cup, Qatar, tìm cách mua ảnh hưởng trong Nghị viện châu Âu và đó mới là "mối quan tâm lớn nhất". Von der Leyen kêu gọi thành lập một cơ quan để duy trì các quy tắc về tính liêm chính và đạo đức trong tất cả các tổ chức của EU.[45] Cựu Chủ tịch Nghị viện châu Âu và hiện là Ủy viên Châu Âu chịu trách nhiệm về Ngoại giao và An ninh, Josep Borrell cho rằng "tin tức rất đáng lo ngại, rất, rất đáng lo ngại. Chúng ta đang đối mặt với một số vấn đề, một số sự thật chắc chắn làm [chúng ta] lo lắng. [Chúng ta] phải hành động không chỉ dựa trên sự thật mà còn dựa trên... bằng chứng. Tôi chắc rằng các bạn hiểu rõ đây là những cáo buộc rất nghiêm trọng".[46]